Kopparholmarnas namn går att spåra tillbaka ända till 1700-talet. På Västra Kopparholmen har varp och stenflis hittats. Detta tyder på att öarnas dåvarande ägare, Arvid Posse, letade kopparmalm på öarna. Därav namnet Kopparholmarna. 

1884 fick Kopparholmen en gasoljefyr med linsapparat av 6:e ordningen med omväxlande vitt och rött sken. Tillsammans med fyren på Svartöberget (Arkö) fick man en enslinje över Aspöfjärden.

Trots fyren så har flera olyckstillbud inträffat i närheten av Kopparholmarna:

• Den 29 juli 1885 drev en skonert på nordvästra sidan av holmen då det mojnade och fartyget därmed blev ohanterligt. Fartyget var hemmahörande i Figeholm och var på väg från Strömsholm till Helgenäs med en last av malm.
• Den 19 september 1887 gick en skonert från Slite på de utskjutande strandningen NVtV om Kopparholmens fyr. Fartyget som var på väg till Söderköping med en last av kalk kom flott med hjälp från lotsarna vid Arkö. Bristande kännedom om farvattnen orsakade grundstötningen.
• I juli 1904 törnade övningsfartyget Abraham Rydberg en bergvägg på Kopparholmen men fick bara ringa skador på rodret.
• Den 31 Juli 1905 gick skonerten Brutus på Kopparholmens NV udde. Fartyget var på väg från Stockholm till Loftahammar och vägrade vända på grund av kastbyar.

1909 uppläts mark på Västra Kopparholmen på 20 år till Lotsverket. Marken som uppläts tillhörde Gottenvik.

På östra Kopparholmmen ska en Anders Roback vara begravd. Han dog 1834-09-09 och begravdes  1834-09-11. Anders Roback var ogift och arrenderade Köxemåla i Misterhult. Han omkom på en jakt som var på väg från Stockholm till Figeholm. Han var 32 år och dog av Cholera Morbus (Kolera).

Kopparholmarna var från 1938 i kronans ägo och ett antal kanonvärn uppfördes. Så sent som 1955 avfyrades varningsskott från dessa mot en rysk ubåt. Alla befästningar på öarna är idag rivna, men spår av flera fundament finns att beskåda. Öarna var ett militärt skyddsområde fram till 2012, men är nu en del av ett naturreservat på 330 hektar, varav ca 30 hektar är land och resten är vattenområdet runt öarna.